微生物是个体难以用肉眼观察的一切微小生物的统称。微生物的特点包括：（一）体积小、表面积。（二）分布广、种类多。（三）吸收多、转化快。（四）生长旺、繁殖快。（五）适应强、易变异。

微生物的大小以μm计，但表面积大，必然有一个巨大的营养吸收，代谢废物排泄和环境信息接受面。这一特点也是微生物与一切大型生物相区别的关键所在。
分布区域广，分布环境广。生理代谢种类繁多，代谢产物种类繁多，代谢产物种类繁多。更重要的是，微生物有多种生理代谢和代谢产物。微生物可以在其他有机体生存的任何环境中发现，而微生物也可以存在于其他有机体无法生存的极端环境中。
生长繁殖率极高，如大肠杆菌在20-30分钟内分裂一次，如果连续分裂，48小时内2.2x1043个细菌数量增加，营养消耗、代谢积累和限制生长速度。这种特性可以在短时间内将大量的基板转化为有用的产品，缩短研究周期。还有一些缺点，如疾病、粮食霉变。